#2 PDBe collaboration

• update with additional entry: transmembrane and biomolecule descriptions
  • legacy PDBTM XML conversion to JSON with PDBe schema
• our Mol* viewer input must work with this JSON
• Mol* viewer: transformation logic must be implemented in JS/TS (PDB file + our BIOMATRIX)

Related resources:

• https://www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/guidelines
• https://gitlab.ebi.ac.uk/pdbe-kb/funpdbe/funpdbe-validator
• https://gitlab.ebi.ac.uk/pdbe-kb/funpdbe/funpdbe-schema
• test input: 2atk: http://pdbtm.enzim.hu/?_=/pdbtm/2atk

Useful doc: https://getcomposer.org/doc/articles/scripts.md#writing-custom-commands

Szia, Gábor! A színkódoknak próbálok utána járni, de elakadtam.

1afo.json-ban ez látható:

    "sites": [
        {
            "site_id": 1,
            "label": "Side1"
        },
        {
            "site_id": 2,
            "label": "Side2"
        },
        {
            "site_id": 3,
            "label": "Transmembrane Alpha Helix"
        },
        {
            "site_id": 4,
            "label": "Transmembrane Beta strand"
        },
        {
            "site_id": 5,
            "label": "Transmembrane Re-entrant Loop"
        },
        {
            "site_id": 6,
            "label": "Interfacial Helix"
        },
        {
            "site_id": 7,
            "label": "Unknow localization"
        },
        {
            "site_id": 8,
            "label": "Membrane Inside"
        }
    ],

A DB-ben pedig ez:

mysql> select * from  localisation_types;
+----+-------------------+------+------------------------------------------------+------------------+---------------------+------------+
| id | name              | code | description                                    | color            | created_at          | deleted_at |
+----+-------------------+------+------------------------------------------------+------------------+---------------------+------------+
|  1 | Side1             | 1    | Side1 in PDBTM                                 | rgb(255,100,100) | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
|  2 | Side2             | 2    | Side2 in PDBTM                                 | rgb(100,100,255) | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
|  3 | Beta              | B    | Part of beta-barrel in PDBTM                   | rgb(255,255,0)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
|  4 | Coil              | C    | Coil region in transmembrane segments in PDBTM | rgb(255,255,0)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
|  5 | Interfacial helix | F    | Interfacial helix in PDBTM                     | rgb(0,255,0)     | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
|  6 | Alpha             | H    | Transmembrane alpha helix in PDBTM             | rgb(255,255,0)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
|  7 | Membins           | I    | Inside of beta barrel                          | rgb(255,0,255)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
|  8 | Membloop          | L    | Re-entrant loop in PDBTM                       | rgb(255,127,0)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
|  9 | Unknown           | U    | Unknown regions in PDBTM                       | rgb(196,196,196) | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 10 | Membrane          | M    | transmembrane segment in TOPDB                 | rgb(255,255,0)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 11 | Inside            | I    | inside (i.e cytoplasmic) in TOPDB              | rgb(255,0,0)     | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 12 | Outside           | O    | outside (i.e extra-cytosolic) in TOPDB         | rgb(0,0,255)     | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 13 | Not Inside        | Q    | not inside region (i.e out or membrane)        | rgb(0,127,255)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 14 | Not Outside       | J    | not outside region (i.e. in or membrane        | rgb(0,127,255)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 15 | Not Membrane      | W    | not mebrane region (i.e in or outside          | rgb(0,127,255)   | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 16 | Signal            | S    | Cleavable signal region                        | rgb(0,0,0)       | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 17 | Propeptide        | P    | Propeptide                                     | rgb(0,0,0)       | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 18 | Transit           | T    | Transit peptide                                | rgb(0,0,0)       | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
| 19 | Cleavable         | K    | Any other cleavable peptide                    | rgb(0,0,0)       | 2000-01-01 00:00:00 | NULL       |
+----+-------------------+------+------------------------------------------------+------------------+---------------------+------------+

A site_id #8-ast (Membrane Inside) nem tudom, melyik localisation_type-nak feleltessem meg:

• Membins: Inside of beta barrel ?
• Membrane: transmembrane segment in TOPDB ?

Azt sem értem, hogy miért van sokkal kevesebb site_id a JSON-ben, mint az UniTMP DB-ben.

Csongor

Szia, Gábor!

Nem értem, hogy egy-egy biomatrix miért hoz létre újabb láncokat, ha aztán törli őket. Ilyen pl. 1qj9: http://pdbtm.enzim.hu/?_=/showfile/1qj9/xml

(note: az E láncot 2x is töröljük)

RCSB-n van egy kis galéria (bal felső sarokban):

https://www.rcsb.org/structure/1QJ9

Itt az egyik elem: biological assembly; míg a másik az assymetric unit. Úgy néz ki, hogy ez önmagában az A lánc, amit a PDBTM-en is megjelenítünk.

Külön érdekes még, hogy a 3D nézetnél a Mol* az Assembly-t jeleníti meg alapból, viszont ha kiválasztjuk a Model -t (jobb felső sarok: Structure -> Type -> Model), akkor az assymetric unit-ot láthatjuk csupán. Itt nem értem, hogy miért model-nek nevezik és miért nem assymetric unit-nak.

Lehet, hogy nem is kellene biomatrixokat felépítenünk, hanem adott pdb entry esetén csak venni kéne az assymetric unit -ot és arra elvégezni egyetlen transzformációt? Vagy nem minden esetben definiálják az assymetric unit -ot? (lehet, erről már beszéltünk, csak elfelejtettem)

Csongor

There is a membrane plane issue in case of 4x8a and 6xvf.

Parent issue entry created on internal redmine: https://redmine.enzim.hu/issues/300

There is only a minor plane issue with 6xvf in the test list: https://git.enzim.ttk.hu/web/TmMolStar/src/issue_2_pdbe_collaboration/src/apps/tm-viewer/index.html#L99